自三月中开始严格封城之后，卫生部组成的IATF小组看似几乎主导了整个疫情防范措施的决议，当然是否继续或是放宽封城这样的大决策最后还是交给总统实行其最终裁决权。
而就在各地开始陆续放宽隔离登记之后，并且在以复苏经济的理由不得不放宽疫情仍然不见好转的过渡区之后，贸工部、交通部、卫生部就常常发生各持己见，或是对于其他部门宣布措施无法相互配合，不仅导致民众对于各项措施的不清楚，进而不知该如何配合各项政策。

例如6月1日开始过渡区放宽至一般型社区隔离，贸工部开放了75%的企业复工，虽然只允许回复75%的产能以减少员工群聚造成的疫情扩散，但交通部却没有因应这项措施而调整公共运输系统的运作，当时大部分的公交系统都是停止运作的，民众仅有计程车、三轮车等等载运量比较低的交通工具可以使用。导致公司复工招了员工回去上班，却发生因为没有公交系统可以使用，使得员工无法准时上工或是根本无法上工。

而最近的一次就是交通部在上周发布了公交系统乘客间需要保持的社交距离从原本的1米缩减至75公分，希望可以有效提升运量，这次交通部跟贸工部算是有在同一条线上，提升交通运输承载人次，可以有效解决民众上下班的交通问题。
但换到卫生部不开心了，近日每日新增疫情的病例数虽然又降低了些，但前些时日还是还有个2-3000，这几日也有个3-4000上下，卫生部表示如果这时候缩短公交系统乘客的社交距离，恐怕会再提升民众染病风险，菲大的专家也提出警告，表示缩减距离或许会导致每日新增确诊人数增加6-700病例数。

贸工部 - 以经济、人民就业为考量。
交通部 - 以提升公众运输便利性、载客量为考量。
卫生部 - 以减缓疫情为考量。

大家都有各自的道理，但这段期间观察下来不难发现这三个部门的措施似乎很难取得一个平衡点，总是会看到交通部发了什么新措施之后，其他的部门又提出反驳说这样的措施会导致什么什么的问题而影响民众或是可能增加民众间接触的风险。

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